Grupo 8: Rizosfera – RedPlantMicro

GRUPO 8

Rizosfera

Grupo consolidado reconocido por la UAM en su catálogo de grupos de investigación con más de 30 años de experiencia en el campo de las interacciones beneficiosas planta microorganismo y cuyas principales líneas de investigación se centran en el estudio del proceso de colonización de la rizosfera de las plantas por la bacteria modelo Pseudomonas ogarae F113, en la genómica de las pseudomonas que promueven el crecimiento de las plantas (PGPR) y en las aplicaciones de la interacción planta microorganismo en biotecnología agrícola y ambiental.

Datos de la entidad en la que trabaja el grupo

NOMBRE DE LA ENTIDAD: UNIVERSIDAD AUTÓNOMA DE MADRID

SIGLAS: UAM

TIPO DE ENTIDAD: Universidad Pública

CENTRO: Facultad de Ciencias

DEPARTAMENTO: Biología

TELÉFONO (indicar prefijos, número y extensión): 914978188

DIRECCIÓN POSTAL: Darwin, 2

CIUDAD: Madrid

PROVINCIA: Madrid

Doctores dentro del grupo (* responsable)

Rafael Rivilla Palma*

rafael.rivilla@uam.es

Marta Martín Basanta

m.martin@uam.es

Miguel Redondo Nieto

miguel.redondo@uam.es

Álvaro Alonso Caballero

alvaro.alonsoc@uam.es

David Durán Wendt

david.duran@uam.es

Líneas de investigación del grupo

1. Colonización de la rizosfera por Pseudomonas

2. Genómica de Pseudomonas

3. Aplicaciones biotecnológicas de la colonización de la rizosfera en agricultura y protección ambiental

Equipos y metodologías singulares empleados por el grupo

EQUIPO	METODOLOGÍA
1. Pinzas magnéticas moleculares	Análisis de la mecánica de proteínas a nivel de single protein
2. Secuenciador nanopore	Secuenciación masiva

EQUIPO / METODOLOGÍA

1. Pinzas magnéticas moleculares.

Análisis de la mecánica de proteínas a nivel de single protein

2. Secuenciador nanopore.

Secuenciación masiva

Colaboraciones con otros grupos nacionales e internacionales

David Dowling

Kieran Germaine

South East Technological University. Carlow, IE

Daniel Garrido Sanz

University Lausanne, Suiza

Claudio Avignone-Rossa

University of Surrey,Guilford, UK

Tim Tolker-Nielsen

Conserton Biofilm Center, University of Copenhagen

Colaboraciones con empresas nacionales e internacionales

Grupo Kimitec

Paraje Cerro Los Lobos, S/N.
04738 Vícar, Almería

Proyectos y contratos de investigación activos

TÍTULO DEL PROYECTO	CÓDIGO Y PERIODO DE DURACIÓN
RHIZOMODEL	PID2021-125070OB-I00 (2022-2025)
HYDROCARBONEATER	TED2021-130996B-I00 (2022-2024)

TÍTULO DEL PROYECTO / CÓDIGO Y PERIODO DE DURACIÓN

RHIZOMODEL.

PID2021-125070OB-I00 (2022-2025)

HYDROCARBONEATER.

TED2021-130996B-I00 (2022-2024)

10 publicaciones representativas (últimos 5 años)

E. Blanco-Romero, D. Garrido-Sanz, D. Durán, M. Rybtke, T. Tolker-Nielsen, M. Redondo-Nieto, R. Rivilla and M. Martín. (2024). Role of extracellular matrix components in biofilm formation and adaptation of Pseudomonas ogarae F113 to the rhizosphere environment. Frontiers in Microbiology Volume 15 – 2024 | https://doi.org/10.3389/ fmicb.2024.1341728

D. Durán, D Vazquez-Arias, E Blanco-Romero, D Garrido-Sanz, M. Redondo-Nieto, R. Rivilla and M. Martín (2023). An Orphan VrgG Auxiliary Module Related to the Type VI Secretion Systems from Pseudomonas ogarae F113 Mediates Bacterial Killing. Genes 14 (11), 1979. https://doi.org/ 10.3390/genes14111979

R Martínez-Cuesta, R Conlon, M Wang, E Blanco-Romero, D Durán, M. Redondo-Nieto, D. Dowling, D. Garrido-Sanz, M. Martin, K. Germaine and R. Rivilla (2023). Field scale biodegradation of total petroleum hydrocarbons and soil restoration by Ecopiles: microbiological analysis of the process. Frontiers in Microbiology 14, 1158130. https://doi.org/10.3389/ fmicb.2023.1158130

E Blanco-Romero, D Durán, D Garrido-Sanz, M Redondo-Nieto, M Martín and R. Rivilla (2023). Adaption of Pseudomonas ogarae F113 to the Rhizosphere Environment—The AmrZ-FleQ Hub. Microorganisms 11 (4), 1037 https://doi.org/10.3390/ microorganisms11041037

Blanco-Romero E, Garrido-Sanz D, Durán D, Rivilla R, Redondo-Nieto M, Martín M. (2022) Regulation of extracellular matrix components by AmrZ is mediated by c-di-GMP in Pseudomonas ogarae F113. Sci Rep.;12(1):11914. doi: 10.1038/s41598 -022-16162-x. PMID: 35831472.

E Blanco-Romero, D Durán, D Garrido-Sanz, R Rivilla, M Martin and M Redondo-Nieto (2022). Transcriptomic analysis of Pseudomonas ogarae F113 reveals the antagonistic roles of AmrZ and FleQ during rhizosphere adaption. Microbial Genomics. Doi: 10.1099/ mgen.0.000750

D. Durán, P. Bernal, D. Vazquez-Arias, E. Blanco-Romero, D. Garrido-Sanz, M. Redondo-Nieto, R. Rivilla, and M..Martín. (2021) Pseudomonas fluorescens F113 type VI Secretion Systems mediate bacterial killing and adaption to the rhizosphere microbiome. Scientific Reports. https://doi.org/10.1038/ s41598-021-85218-1

D Garrido-Sanz, M Redondo-Nieto, M Martin and R Rivilla (2021). Comparative genomics of the Pseudomonas corrugata subgroup reveals high species diversity and allows the description of Pseudomonas ogarae sp. nov. Microbial Genomics 7(6): 000593 https://doi.org/ 10.1099/mgen.0.000593

E. Blanco-Romero, D. Garrido-Sanz, R. Rivilla, M. Redondo-Nieto and M. Martín (2020). In Silico Characterization and Phylogenetic Distribution of Extracellular Matrix Components in the Model Rhizobacteria Pseudomonas fluorescens F113 and Other Pseudomonads. Microorganisms DOI: 10.3390/microorganisms 8111740

D. Garrido-Sanz, P. Sansegundo-Lobato, M. Redondo-Nieto, J. Suman, T. Cajthaml, E. Blanco-Romero, M. Martin, O. Uhlik and R. Rivilla (2020). Analysis of the biodegradative and adaptive potential of the novel polychlorinated biphenyl degrader Rhodococcus sp. WAY2 revealed by its complete genome sequence. Microbial Genomics 6(4), e000363 doi.org/10.1099/ mgen.0.000363