GRUPO 1

Interacciones mutualistas microorganismo-planta

La línea general de investigación del grupo refleja el interés actual del grupo en estudiar la biodiversidad microbiana y analizar el potencial de los microorganismos para ser aplicados en diversas facetas biotecnológicas, con especial énfasis en el empleo de bacterias y hongos en la mejora de procesos agroalimentarios y de sostenibilidad ambiental y en la obtención de bioproductos. Las principales líneas de investigación de trabajo que actualmente desarrolla el grupo de investigación son las siguientes: Simbiosis Rhizobium-leguminosa, Interacciones positivas microorganismo-planta, Biotecnología agrícola, Biodiversidad microbiana y aplicaciones biotecnológicas de los microorganismos endófitos de plantas en procesos agroalimentarios y de sostenibilidad ambiental, entre otras.

NOMBRE DE LA ENTIDAD: Universidad de Salamanca

SIGLAS: USAL

TIPO DE ENTIDAD: Universidad

CENTRO: Instituto de Investigación en Agrobiotecnología (CIALE)

DEPARTAMENTO: Microbiología y Genética

TELÉFONO (indicar prefijos, número y extensión): 923294500 ext. 4677

DIRECCIÓN POSTAL: Edificio Departamental de Biología. Campus Miguel de Unamuno

CIUDAD: Salamanca

PROVINCIA: Salamanca

PÁGINA WEB:
Interacciones microbianas
Portal de la investigación USAL

RR.SS. del grupo:
Instagram: @micro_usal; X Twitter: @MicrobioUsal

Paula García Fraile*

Pedro Francisco Mateos González

Lorena Carro García

Esther Menéndez Gutiérrez

Raúl Rivas González

José David Flores Félix

Zaki Saati Santamaría

Muhammad Khashi U Rahman

Diego Alberto Cruz Fagua

Marta Marcos García

Rocío Vicentefranqueira Rodríguez

1. Interacciones positivas microorganismo-planta.
2. Biodiversidad y taxonomía microbiana.
3. Aplicaciones biotecnológicas de los microorganismos en procesos agroalimentarios y de sostenibilidad ambiental.
4. Simbiosis Rhizobium-leguminosa.
5. Mejora e innovación docente en el área de la microbiología.
EQUIPOMETODOLOGÍA
1.Microscopía confocal Spinning Disk High Speed confocal DragonFly 200 (ANDOR)Microscopia confocal spinning disk.
2. Equipos para la extracción, procesamiento y análisis de ADN y ARNDisponemos de equipamientos para extracción y manejo de ácidos nucleicos, RT-PCR, etc.
3. Banco de germoplasma de bacterias asociadas a plantasDisponemos de una colección de cientos de cepas promotoras del crecimiento vegetal aisladas de la rizosfera y endosfera de diversos cultivos.
4. Invernaderos y cámaras visitablesInstalaciones para el cultivo de plantas en condiciones controladas.
5. Análisis bioinformáticosRealizamos análisis bioinformáticos diversos: Genómica comparativa (posibilidad de comparar miles de genomas simultáneamente); Metagenómica shotgun; Transcriptómica y metatranscriptómica; Análisis de secuenciación masiva de amplicones (ej.: 16S rRNA, ITS, etc.); Chip-Seq, etc.
6. Técnicas de edición genética bacterianaUtilización de técnica CRISP-Cas9 para la creación de mutantes en genes de interés
7. Localización de bacterias en estudios de colonización mediante gfp o inmunolocalizaciónDisponemos de diferentes vectores de transconjugación para expresar proteínas fluorescentes estables en rizosfera y endosfera. Además, utilizamos técnicas de inmunolocalización de bacterias en planta empleando anticuerpos específicos de diferentes grupos bacterianos.
8 Evaluación de producción de moléculas de Quorum SensingUtilización de cepas bioreporteras de moléculas para estudiar la actividad de Quorum Sensing /Quorum quenching en cepas determinadas.

 

EQUIPO / METODOLOGÍA

1. Microscopía confocal Spinning Disk High Speed confocal DragonFly 200 (ANDOR).

Microscopia confocal spinning disk.

2. Equipos para la extracción, procesamiento y análisis de ADN y ARN.

Disponemos de equipamientos para extracción y manejo de ácidos nucleicos, RT-PCR, análisis de genomas, pangenomas, metagenomas, (meta)transcriptomas, etc.

3. Banco de germoplasma de bacterias asociadas a plantas.

Disponemos de una colección de cientos de cepas promotoras del crecimiento vegetal aisladas de la rizosfera y endosfera de diversos cultivos.

4. Invernaderos y cámaras visitables.

Instalaciones para el cultivo de plantas en condiciones controladas.

5. Análisis bioinformáticos.

Realizamos análisis bioinformáticos diversos: Genómica comparativa (posibilidad de comparar miles de genomas simultáneamente); Metagenómica shotgun; Transcriptómica y metatranscriptómica; Análisis de secuenciación masiva de amplicones (ej.: 16S rRNA, ITS, etc.); Chip-Seq, etc.

6. Técnicas de edición genética bacteriana.

Utilización de técnica CRISP-Cas9 para la creación de mutantes en genes de interés

7. Localización de bacterias en estudios de colonización mediante gfp o inmunolocalización.

Disponemos de diferentes vectores de transconjugación para expresar proteínas fluorescentes estables en rizosfera y endosfera. Además, utilizamos técnicas de inmunolocalización de bacterias en planta empleando anticuerpos específicos de diferentes grupos bacterianos.

8 Evaluación de producción de moléculas de Quorum Sensing.

Utilización de cepas bioreporteras de moléculas para estudiar la actividad de Quorum Sensing /Quorum quenching en cepas determinadas.

Leeds University. United Kingdom

Instituto de Recursos Naturales y Agrobiología. España

Universidad de León. España

Conchi Azcón

Estación Experimental del Zaidín. España

MED-UÉvora, Portugal

Queens University. Canadá

University of Bologna, Italy

Czech Academy of Sciences. Czech Republic

Université de Ghardaïa
Laboratoire de Biologie des Systèmes Microbiens (LBSM)

INIA Quilamapu, Chile

University of Lyon 1-CNRS, Francia

Ecole Nationale Supérieure de Biotechnologie de Constantine,
Argelia

NEIKER, España

Chinese Academy of Sciences,
China

Universidad Pablo de Olavide

Universidad del País Vasco

Universidade da Beira Interior

Universidade de Porto

Instituto Politécnico da Guarda

Research Institute for Agricultural Microbiology

Universidade Federal de Minas Gerais, Belohorizonte, Brazil

Universidad de La Frontera, Temuco, Chile

Millennium Tower, 23 Aranha St. Tel Aviv, 6107025, Israel

Calle Mar Tirreno 8. Naves C27, C29,
28830 San Fernando de Henares, Madrid

Avda. Antonio Fuentes Méndez, 130850 Totana (Murcia)

Pol ind la gazuela Nave 1w21, 28210 Valdemorillo, Madrid

Paraje La Galianilla, 39 El Ejido, Almería España

C/ Vitoria 274, Nave 49 Complejo Naves Taglosa
Pol. Ind. Gamonal – Villimar. 09007 Burgos

Parque empresarial Cristalia Edificio ONIC 5, 6ª planta

Vía de los poblados, 3 28033 Madrid (Spain)

Novelda del Guadiana 06183, Badajoz, España

TÍTULO DEL PROYECTO

CÓDIGO  Y PERIODO DE DURACIÓN

Rhizo-attachment and biofilm formation of complex soil bacterial communities: common and unique roles in their interactions with crops (RhiZoBioS).

PID2022-138373NA- I00. 2023-2026

IP: Esther Menéndez

Control y evolución de la microbiota y el microbioma del jamón ibérico de bellota durante el proceso de curación.

Art 83 LOU. 2020-2024

IP: Pedro F. Mateos

Caracterización del potencial de la cepa P. brassicacearum CDVBN10 como biofertilizante, bioestimulante y biopesticida para cultivos de importancia agronómica (AGRIBIOPRODUCT).

TED2021-129157B-I00. 2022-2024

IP: Paula García-Fraile

Modelling integrated biodiversity-based next generation Mediterranean farming systems (BiomeNEXT).

PCI2022-132990. 2022-2025

IP: Paula García-Fraile

Análisis de la biodiversidad microbiana funcional con aplicación para la mejora en la producción de arándano y mora.

PID2019-109960RB-100. 2020-2024

IPs: Raúl Rivas González y Paula García Fraile

Management of post-fire soil employing nitrogen-fixing bacteria to improve carbon soils stocks (CARBACSOIL)

H2020-MSCA-COFUND-2020. 2023-2026

IPs: José David Flores Félix, Paula García Fraile

Companion cropping with onion for sustainable tomato production (OniTomato)

H2020-MSCA-COFUND-2020. 2023-2025

IPs: Muhammad Khashi U Rahman, Paula García Fraile

Dietary assessment of agricultural by-products and wild probiotics on growth performance of crickets of industrial interest (DABAPRO)

H2020-MSCA-COFUND-2020. 2023-2025

IPs: Diego Alberto Cruz Fagua, Paula García Fraile

Evaluación de cepas microbianas con interés industrial.

Art 83 LOU. 2021-2024

IP: Raúl Rivas González.

Identificación de microorganismos aislados a partir de muestras medioambientales y de alimentos.

Art 83 LOU. 2010-2024

IP: Raúl Rivas González.

Descubriendo bacterias del desierto que mejoren la resiliencia de los cultivos al cambio climático (Bugs4Res).

TED2021-129160B-I00. 2022-2024

IP: Lorena Carro

Caracterización funcional y genómica del potencial como promotor del crecimiento vegetal de una cepa rizosférica.

Art 60 LOSU. 2023-2024

IP: Lorena Carro

Identificación de microorganismos aislados a partir de muestras de alimentos y medioambientales.

Art 83 LOU. 2010-2024

IP: Lorena Carro

Revealing plant-microbe associations through soil microbial community analyses

Art 60 LOSU. 2023-2024

IP: Zaki Saati Santamaría

TÍTULO DEL PROYECTO / CÓDIGO  Y PERIODO DE DURACIÓN

Rhizo-attachment and biofilm formation of complex soil bacterial communities: common and unique roles in their interactions with crops (RhiZoBioS).

PID2022-138373NA- I00. 2023-2026

IP: Esther Menéndez

Control y evolución de la microbiota y el microbioma del jamón ibérico de bellota durante el proceso de curación.

Art 83 LOU. 2020-2024

IP: Pedro F. Mateos

Caracterización del potencial de la cepa P. brassicacearum CDVBN10 como biofertilizante, bioestimulante y biopesticida para cultivos de importancia agronómica (AGRIBIOPRODUCT).

TED2021-129157B-I00. 2022-2024

IP: Paula García-Fraile

Modelling integrated biodiversity-based next generation Mediterranean farming systems (BiomeNEXT).

PCI2022-132990. 2022-2025

IP: Paula García-Fraile

Análisis de la biodiversidad microbiana funcional con aplicación para la mejora en la producción de arándano y mora.

PID2019-109960RB-100. 2020-2024

IPs: Raúl Rivas González y Paula García Fraile

Management of post-fire soil employing nitrogen-fixing bacteria to improve carbon soils stocks (CARBACSOIL)

H2020-MSCA-COFUND-2020. 2023-2026

IPs: José David Flores Félix, Paula García Fraile

Companion cropping with onion for sustainable tomato production (OniTomato)

H2020-MSCA-COFUND-2020. 2023-2025

IPs: Muhammad Khashi U Rahman, Paula García Fraile

Dietary assessment of agricultural by-products and wild probiotics on growth performance of crickets of industrial interest (DABAPRO)

H2020-MSCA-COFUND-2020. 2023-2025

IPs: Diego Alberto Cruz Fagua, Paula García Fraile

Evaluación de cepas microbianas con interés industrial.

Art 83 LOU. 2021-2024

IP: Raúl Rivas González.

Identificación de microorganismos aislados a partir de muestras medioambientales y de alimentos.

Art 83 LOU. 2010-2024

IP: Raúl Rivas González.

Descubriendo bacterias del desierto que mejoren la resiliencia de los cultivos al cambio climático (Bugs4Res).

TED2021-129160B-I00. 2022-2024

IP: Lorena Carro

Caracterización funcional y genómica del potencial como promotor del crecimiento vegetal de una cepa rizosférica.

Art 60 LOSU. 2023-2024

IP: Lorena

Identificación de microorganismos aislados a partir de muestras de alimentos y medioambientales.

Art 83 LOU. 2010-2024

IP: Lorena Carro

Revealing plant-microbe associations through soil microbial community analyses

Art 60 LOSU. 2023-2024

IP: Zaki Saati Santamaría

Flores-Félix, J.D., Gonçalves, A.C., Meirinho, S., Nunes, A.R., Alves, G., Garcia-Viguera, C., Moreno, D.A. and Silva, L.R., 2024. Differential response of blueberry to the application of bacterial inoculants to improve yield, organoleptic qualities and concentration of bioactive compounds. Microbiological Research, 278, p.127544. https://doi.org/ 10.1016/ j.micres.2023.127544

Saati-Santamaría, Z., Vicentefranqueira, R., Kolařik, M., Rivas, R. and García-Fraile, P., 2023. Microbiome specificity and fluxes between two distant plant taxa in Iberian forests. Environmental Microbiome, 18(1), p.64. https://doi.org/ 10.1186/ s40793-023-00520-x

Peral-Aranega, E., Saati-Santamaría, Z., Ayuso-Calles, M., Kostovčík, M., Veselská, T., Švec, K., Rivas, R., Kolařik, M. and García-Fraile, P., 2023. New insights into the bark beetle Ips typographus bacteriome reveals unexplored diversity potentially beneficial to the host. Environmental Microbiome, 18(1), p.53. https://link.springer.com /article/ 10.1186/s40793-023-00510-z

Ayuso-Calles, M., Flores-Félix, J.D., Amaro, F., García-Estévez, I., Jiménez-Gómez, A., de Pinho, P.G., Escribano-Bailón, M.T. and Rivas, R., 2023. Effect of Rhizobium mechanisms in improving tolerance to saline stress in lettuce plants. Chemical and Biological Technologies in Agriculture, 10(1), p.89. https://link.springer.com/ article/ 10.1186/s40538-023-00463-y

Saati-Santamaría, Z., Selem-Mojica, N., Peral-Aranega, E., Rivas, R. and García-Fraile, P., 2022. Unveiling the genomic potential of Pseudomonas type strains for discovering new natural products. Microbial Genomics, 8(2), p.000758. https://doi.org/ 10.1099/mgen.0.000758

Alejandro Jiménez Gómez, Ignacio García-Estévez, Paula García-Fraile, María Teresa Escribano-Bailón, Raúl Rivas. 2020. Increase in phenolic compounds of Coriandrum sativum L. after the application of a Bacillus halotolerans biofertilizer. Journal of the Science of Food and Agriculture 100 (6): 2742-2749. https://doi.org/ 10.1002/jsfa.10306

Ortúzar, M., Trujillo, M.E., Román-Ponce, B. and Carro, L., 2020. Micromonospora metallophores: A plant growth promotion trait useful for bacterial-assisted phytoremediation?. Science of The Total Environment, 739, p.139850. https://doi.org/10.1016/ j.scitotenv.2020.139850

Poveda, J., Jiménez-Gómez, A., Saati-Santamaría, Z., Usategui-Martín, R., Rivas, R. and García-Fraile, P., 2019. Mealworm frass as a potential biofertilizer and abiotic stress tolerance-inductor in plants. Applied Soil Ecology, 142, pp.110-122. https://doi.org/10.1016 /j.apsoil.2019.04.016

Carro, L., Castro, J. F., Razmilic, V., Nouioui, I., Pan, C., Igual, J. M., Jaspars, M., Goodfellow, M., Bull, A. T., Asenjo, J. A., & Klenk, H.-P. (2019). Uncovering the potential of novel micromonosporae isolated from an extreme hyper-arid Atacama Desert soil. Scientific Reports, 9(1). https://doi.org/10.1038/ S41598-019-38789-Z

Menéndez E, Robledo M, Jiménez-Zurdo JI, Velázquez E, Rivas R, Murray JD, & Mateos PF. (2019). Legumes display common and host-specific responses to the rhizobial cellulase CelC2 during primary symbiotic infection. Scientific Reports, 9  (1). https://doi.org/10.1038/ S41598-019-50337-3

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