GRUPO 1
Interacciones mutualistas microorganismo-planta
La línea general de investigación del grupo refleja el interés actual del grupo en estudiar la biodiversidad microbiana y analizar el potencial de los microorganismos para ser aplicados en diversas facetas biotecnológicas, con especial énfasis en el empleo de bacterias y hongos en la mejora de procesos agroalimentarios y de sostenibilidad ambiental y en la obtención de bioproductos. Las principales líneas de investigación de trabajo que actualmente desarrolla el grupo de investigación son las siguientes: Simbiosis Rhizobium-leguminosa, Interacciones positivas microorganismo-planta, Biotecnología agrícola, Biodiversidad microbiana y aplicaciones biotecnológicas de los microorganismos endófitos de plantas en procesos agroalimentarios y de sostenibilidad ambiental, entre otras.
Datos de la entidad en la que trabaja el grupo
NOMBRE DE LA ENTIDAD: Universidad de Salamanca
SIGLAS: USAL
TIPO DE ENTIDAD: Universidad
CENTRO: Instituto de Investigación en Agrobiotecnología (CIALE)
DEPARTAMENTO: Microbiología y Genética
TELÉFONO (indicar prefijos, número y extensión): 923294500 ext. 4677
DIRECCIÓN POSTAL: Edificio Departamental de Biología. Campus Miguel de Unamuno
CIUDAD: Salamanca
PROVINCIA: Salamanca
PÁGINA WEB:
Interacciones microbianas
Portal de la investigación USAL
RR.SS. del grupo:
Instagram: @micro_usal; X Twitter: @MicrobioUsal
Doctores dentro del grupo (* responsable)
Paula García Fraile*
Pedro Francisco Mateos González
Lorena Carro García
Esther Menéndez Gutiérrez
Raúl Rivas González
José David Flores Félix
Zaki Saati Santamaría
Muhammad Khashi U Rahman
Diego Alberto Cruz Fagua
Marta Marcos García
Rocío Vicentefranqueira Rodríguez
Líneas de investigación del grupo
1. Interacciones positivas microorganismo-planta. |
2. Biodiversidad y taxonomía microbiana. |
3. Aplicaciones biotecnológicas de los microorganismos en procesos agroalimentarios y de sostenibilidad ambiental. |
4. Simbiosis Rhizobium-leguminosa. |
5. Mejora e innovación docente en el área de la microbiología. |
Equipos y metodologías singulares empleados por el grupo
EQUIPO | METODOLOGÍA |
1.Microscopía confocal Spinning Disk High Speed confocal DragonFly 200 (ANDOR) | Microscopia confocal spinning disk. |
2. Equipos para la extracción, procesamiento y análisis de ADN y ARN | Disponemos de equipamientos para extracción y manejo de ácidos nucleicos, RT-PCR, etc. |
3. Banco de germoplasma de bacterias asociadas a plantas | Disponemos de una colección de cientos de cepas promotoras del crecimiento vegetal aisladas de la rizosfera y endosfera de diversos cultivos. |
4. Invernaderos y cámaras visitables | Instalaciones para el cultivo de plantas en condiciones controladas. |
5. Análisis bioinformáticos | Realizamos análisis bioinformáticos diversos: Genómica comparativa (posibilidad de comparar miles de genomas simultáneamente); Metagenómica shotgun; Transcriptómica y metatranscriptómica; Análisis de secuenciación masiva de amplicones (ej.: 16S rRNA, ITS, etc.); Chip-Seq, etc. |
6. Técnicas de edición genética bacteriana | Utilización de técnica CRISP-Cas9 para la creación de mutantes en genes de interés |
7. Localización de bacterias en estudios de colonización mediante gfp o inmunolocalización | Disponemos de diferentes vectores de transconjugación para expresar proteínas fluorescentes estables en rizosfera y endosfera. Además, utilizamos técnicas de inmunolocalización de bacterias en planta empleando anticuerpos específicos de diferentes grupos bacterianos. |
8 Evaluación de producción de moléculas de Quorum Sensing | Utilización de cepas bioreporteras de moléculas para estudiar la actividad de Quorum Sensing /Quorum quenching en cepas determinadas. |
EQUIPO / METODOLOGÍA |
1. Microscopía confocal Spinning Disk High Speed confocal DragonFly 200 (ANDOR). Microscopia confocal spinning disk. |
2. Equipos para la extracción, procesamiento y análisis de ADN y ARN. Disponemos de equipamientos para extracción y manejo de ácidos nucleicos, RT-PCR, análisis de genomas, pangenomas, metagenomas, (meta)transcriptomas, etc. |
3. Banco de germoplasma de bacterias asociadas a plantas. Disponemos de una colección de cientos de cepas promotoras del crecimiento vegetal aisladas de la rizosfera y endosfera de diversos cultivos. |
4. Invernaderos y cámaras visitables. Instalaciones para el cultivo de plantas en condiciones controladas. |
5. Análisis bioinformáticos. Realizamos análisis bioinformáticos diversos: Genómica comparativa (posibilidad de comparar miles de genomas simultáneamente); Metagenómica shotgun; Transcriptómica y metatranscriptómica; Análisis de secuenciación masiva de amplicones (ej.: 16S rRNA, ITS, etc.); Chip-Seq, etc. |
6. Técnicas de edición genética bacteriana. Utilización de técnica CRISP-Cas9 para la creación de mutantes en genes de interés |
7. Localización de bacterias en estudios de colonización mediante gfp o inmunolocalización. Disponemos de diferentes vectores de transconjugación para expresar proteínas fluorescentes estables en rizosfera y endosfera. Además, utilizamos técnicas de inmunolocalización de bacterias en planta empleando anticuerpos específicos de diferentes grupos bacterianos. |
8 Evaluación de producción de moléculas de Quorum Sensing. Utilización de cepas bioreporteras de moléculas para estudiar la actividad de Quorum Sensing /Quorum quenching en cepas determinadas. |
Colaboraciones con otros grupos nacionales e internacionales
Leeds University. United Kingdom
Instituto de Recursos Naturales y Agrobiología. España
Universidad de León. España
Conchi Azcón
Estación Experimental del Zaidín. España
MED-UÉvora, Portugal
Queens University. Canadá
University of Bologna, Italy
Czech Academy of Sciences. Czech Republic
Université de Ghardaïa
Laboratoire de Biologie des Systèmes Microbiens (LBSM)
INIA Quilamapu, Chile
University of Lyon 1-CNRS, Francia
Ecole Nationale Supérieure de Biotechnologie de Constantine,
Argelia
NEIKER, España
Chinese Academy of Sciences,
China
Universidad Pablo de Olavide
Universidad del País Vasco
Universidade da Beira Interior
Universidade de Porto
Instituto Politécnico da Guarda
Research Institute for Agricultural Microbiology
Universidade Federal de Minas Gerais, Belohorizonte, Brazil
Universidad de La Frontera, Temuco, Chile
Colaboraciones con empresas nacionales e internacionales
Millennium Tower, 23 Aranha St. Tel Aviv, 6107025, Israel
Calle Mar Tirreno 8. Naves C27, C29,
28830 San Fernando de Henares, Madrid
Avda. Antonio Fuentes Méndez, 130850 Totana (Murcia)
Pol ind la gazuela Nave 1w21, 28210 Valdemorillo, Madrid
Paraje La Galianilla, 39 El Ejido, Almería España
C/ Vitoria 274, Nave 49 Complejo Naves Taglosa
Pol. Ind. Gamonal – Villimar. 09007 Burgos
Parque empresarial Cristalia Edificio ONIC 5, 6ª planta
Vía de los poblados, 3 28033 Madrid (Spain)
Novelda del Guadiana 06183, Badajoz, España
Proyectos y contratos de investigación activos
TÍTULO DEL PROYECTO | CÓDIGO Y PERIODO DE DURACIÓN |
Rhizo-attachment and biofilm formation of complex soil bacterial communities: common and unique roles in their interactions with crops (RhiZoBioS). | PID2022-138373NA- I00. 2023-2026 IP: Esther Menéndez |
Control y evolución de la microbiota y el microbioma del jamón ibérico de bellota durante el proceso de curación. | Art 83 LOU. 2020-2024 IP: Pedro F. Mateos |
Caracterización del potencial de la cepa P. brassicacearum CDVBN10 como biofertilizante, bioestimulante y biopesticida para cultivos de importancia agronómica (AGRIBIOPRODUCT). | TED2021-129157B-I00. 2022-2024 IP: Paula García-Fraile |
Modelling integrated biodiversity-based next generation Mediterranean farming systems (BiomeNEXT). | PCI2022-132990. 2022-2025 IP: Paula García-Fraile |
Análisis de la biodiversidad microbiana funcional con aplicación para la mejora en la producción de arándano y mora. | PID2019-109960RB-100. 2020-2024 IPs: Raúl Rivas González y Paula García Fraile |
Management of post-fire soil employing nitrogen-fixing bacteria to improve carbon soils stocks (CARBACSOIL) | H2020-MSCA-COFUND-2020. 2023-2026 IPs: José David Flores Félix, Paula García Fraile |
Companion cropping with onion for sustainable tomato production (OniTomato) | H2020-MSCA-COFUND-2020. 2023-2025 IPs: Muhammad Khashi U Rahman, Paula García Fraile |
Dietary assessment of agricultural by-products and wild probiotics on growth performance of crickets of industrial interest (DABAPRO) | H2020-MSCA-COFUND-2020. 2023-2025 IPs: Diego Alberto Cruz Fagua, Paula García Fraile |
Evaluación de cepas microbianas con interés industrial. | Art 83 LOU. 2021-2024 IP: Raúl Rivas González. |
Identificación de microorganismos aislados a partir de muestras medioambientales y de alimentos. | Art 83 LOU. 2010-2024 IP: Raúl Rivas González. |
Descubriendo bacterias del desierto que mejoren la resiliencia de los cultivos al cambio climático (Bugs4Res). | TED2021-129160B-I00. 2022-2024 IP: Lorena Carro |
Caracterización funcional y genómica del potencial como promotor del crecimiento vegetal de una cepa rizosférica. | Art 60 LOSU. 2023-2024 IP: Lorena Carro |
Identificación de microorganismos aislados a partir de muestras de alimentos y medioambientales. | Art 83 LOU. 2010-2024 IP: Lorena Carro |
Revealing plant-microbe associations through soil microbial community analyses | Art 60 LOSU. 2023-2024 IP: Zaki Saati Santamaría |
TÍTULO DEL PROYECTO / CÓDIGO Y PERIODO DE DURACIÓN |
Rhizo-attachment and biofilm formation of complex soil bacterial communities: common and unique roles in their interactions with crops (RhiZoBioS). PID2022-138373NA- I00. 2023-2026 IP: Esther Menéndez |
Control y evolución de la microbiota y el microbioma del jamón ibérico de bellota durante el proceso de curación. Art 83 LOU. 2020-2024 IP: Pedro F. Mateos |
Caracterización del potencial de la cepa P. brassicacearum CDVBN10 como biofertilizante, bioestimulante y biopesticida para cultivos de importancia agronómica (AGRIBIOPRODUCT). TED2021-129157B-I00. 2022-2024 IP: Paula García-Fraile |
Modelling integrated biodiversity-based next generation Mediterranean farming systems (BiomeNEXT). PCI2022-132990. 2022-2025 IP: Paula García-Fraile |
Análisis de la biodiversidad microbiana funcional con aplicación para la mejora en la producción de arándano y mora. PID2019-109960RB-100. 2020-2024 IPs: Raúl Rivas González y Paula García Fraile |
Management of post-fire soil employing nitrogen-fixing bacteria to improve carbon soils stocks (CARBACSOIL) H2020-MSCA-COFUND-2020. 2023-2026 IPs: José David Flores Félix, Paula García Fraile |
Companion cropping with onion for sustainable tomato production (OniTomato) H2020-MSCA-COFUND-2020. 2023-2025 IPs: Muhammad Khashi U Rahman, Paula García Fraile |
Dietary assessment of agricultural by-products and wild probiotics on growth performance of crickets of industrial interest (DABAPRO) H2020-MSCA-COFUND-2020. 2023-2025 IPs: Diego Alberto Cruz Fagua, Paula García Fraile |
Evaluación de cepas microbianas con interés industrial. Art 83 LOU. 2021-2024 IP: Raúl Rivas González. |
Identificación de microorganismos aislados a partir de muestras medioambientales y de alimentos. Art 83 LOU. 2010-2024 IP: Raúl Rivas González. |
Descubriendo bacterias del desierto que mejoren la resiliencia de los cultivos al cambio climático (Bugs4Res). TED2021-129160B-I00. 2022-2024 IP: Lorena Carro |
Caracterización funcional y genómica del potencial como promotor del crecimiento vegetal de una cepa rizosférica. Art 60 LOSU. 2023-2024 IP: Lorena |
Identificación de microorganismos aislados a partir de muestras de alimentos y medioambientales. Art 83 LOU. 2010-2024 IP: Lorena Carro |
Revealing plant-microbe associations through soil microbial community analyses Art 60 LOSU. 2023-2024 IP: Zaki Saati Santamaría |
10 publicaciones representativas (últimos 5 años)
Flores-Félix, J.D., Gonçalves, A.C., Meirinho, S., Nunes, A.R., Alves, G., Garcia-Viguera, C., Moreno, D.A. and Silva, L.R., 2024. Differential response of blueberry to the application of bacterial inoculants to improve yield, organoleptic qualities and concentration of bioactive compounds. Microbiological Research, 278, p.127544. https://doi.org/ 10.1016/ j.micres.2023.127544 |
Saati-Santamaría, Z., Vicentefranqueira, R., Kolařik, M., Rivas, R. and García-Fraile, P., 2023. Microbiome specificity and fluxes between two distant plant taxa in Iberian forests. Environmental Microbiome, 18(1), p.64. https://doi.org/ 10.1186/ s40793-023-00520-x |
Peral-Aranega, E., Saati-Santamaría, Z., Ayuso-Calles, M., Kostovčík, M., Veselská, T., Švec, K., Rivas, R., Kolařik, M. and García-Fraile, P., 2023. New insights into the bark beetle Ips typographus bacteriome reveals unexplored diversity potentially beneficial to the host. Environmental Microbiome, 18(1), p.53. https://link.springer.com /article/ 10.1186/s40793-023-00510-z |
Ayuso-Calles, M., Flores-Félix, J.D., Amaro, F., García-Estévez, I., Jiménez-Gómez, A., de Pinho, P.G., Escribano-Bailón, M.T. and Rivas, R., 2023. Effect of Rhizobium mechanisms in improving tolerance to saline stress in lettuce plants. Chemical and Biological Technologies in Agriculture, 10(1), p.89. https://link.springer.com/ article/ 10.1186/s40538-023-00463-y |
Saati-Santamaría, Z., Selem-Mojica, N., Peral-Aranega, E., Rivas, R. and García-Fraile, P., 2022. Unveiling the genomic potential of Pseudomonas type strains for discovering new natural products. Microbial Genomics, 8(2), p.000758. https://doi.org/ 10.1099/mgen.0.000758 |
Alejandro Jiménez Gómez, Ignacio García-Estévez, Paula García-Fraile, María Teresa Escribano-Bailón, Raúl Rivas. 2020. Increase in phenolic compounds of Coriandrum sativum L. after the application of a Bacillus halotolerans biofertilizer. Journal of the Science of Food and Agriculture 100 (6): 2742-2749. https://doi.org/ 10.1002/jsfa.10306 |
Ortúzar, M., Trujillo, M.E., Román-Ponce, B. and Carro, L., 2020. Micromonospora metallophores: A plant growth promotion trait useful for bacterial-assisted phytoremediation?. Science of The Total Environment, 739, p.139850. https://doi.org/10.1016/ j.scitotenv.2020.139850 |
Poveda, J., Jiménez-Gómez, A., Saati-Santamaría, Z., Usategui-Martín, R., Rivas, R. and García-Fraile, P., 2019. Mealworm frass as a potential biofertilizer and abiotic stress tolerance-inductor in plants. Applied Soil Ecology, 142, pp.110-122. https://doi.org/10.1016 /j.apsoil.2019.04.016 |
Carro, L., Castro, J. F., Razmilic, V., Nouioui, I., Pan, C., Igual, J. M., Jaspars, M., Goodfellow, M., Bull, A. T., Asenjo, J. A., & Klenk, H.-P. (2019). Uncovering the potential of novel micromonosporae isolated from an extreme hyper-arid Atacama Desert soil. Scientific Reports, 9(1). https://doi.org/10.1038/ S41598-019-38789-Z |
Menéndez E, Robledo M, Jiménez-Zurdo JI, Velázquez E, Rivas R, Murray JD, & Mateos PF. (2019). Legumes display common and host-specific responses to the rhizobial cellulase CelC2 during primary symbiotic infection. Scientific Reports, 9 (1). https://doi.org/10.1038/ S41598-019-50337-3 |